9月25日16时23分起，来自7家国内航空公司的7架大型客机依次从北京大兴国际机场起飞，分别前往广州、上海、成都、延安、杭州、福州、厦门，标志着北京大兴国际机场正式通航。

这7架飞机分别是中国南方航空公司的空客A380、中国东方航空公司的空客A350、中国国际航空公司的波音747-8、中国联合航空公司的波音737-800、北京首都航空公司的空客A330-200、河北航空公司的波音737-800、厦门航空公司的波音787-9。

率先在北京大兴国际机场起飞的南方航空公司作为最大的主基地航空公司，在大兴国际机场拥有40%的时刻资源，未来将承担北京大兴国际机场40%航空旅客业务量，到2025年南航预计在大兴国际机场投入飞机超过200架。随后起飞的东航未来将在大兴机场投入180—200架飞机，旗下的中国联合航空作为首家整建制入驻大兴运营的航企也将于25日当晚从南苑机场全部转场至大兴。国航在首航之后将执飞大兴至深圳、重庆、昆明等10条国内航线，预计至2025年在大兴机场投放约40至50架飞机。首航之后，南航、东航、国航将于2019年冬春航季（10月27日）开启“两场同时运营”状态。

截至目前，共有66家航空公司意向入驻北京大兴机场，其中20家境内航空公司、46家港澳台地区及外国航空公司，各航空公司航班时刻陆续获批。2019年冬春航季，北京大兴机场预计开通116条航线，其中国内航线101条，国际航线15条；覆盖全球112个航点，包括国内航点97个，国际航点15个。预计到2022年，机场旅客吞吐量将达到4500万人次，国际航班占比20%；到2025年，旅客吞吐量将达到7200万人次，国际航班占比有望达到30%。