3月31日，日本厚生劳动省及和歌山县相关部门，对小林制药公司位于和歌山县纪之川市的工厂进行现场检查。检查结束后，小林制药公司制造本部长山下健司，在接受现场媒体采访时鞠躬道歉。山下称，公司现在的的责任是向公众准确传达目前的状况和相关数据。对于媒体关于现场检查的内容以及工厂红曲原料保存情况的提问，山下称目前正在接受检查，无法作出回答。

据悉小林制药位于大阪市的一家老厂去年12月关闭后，和歌山县的这家工厂接管原料制造业务。依据和歌山县政府说法，这家工厂接手了大阪工厂的生产设备，并从今年1月开始生产原料。据日本广播协会报道，厚生劳动省和地方政府派出的17人工作小组进入该工厂检查，来自大阪工厂的设备也在检查之列。此前一天（30日），厚生劳动省与大阪市官员一起检查了大阪那家工厂，而山下健司也现身媒体面前鞠躬致歉。

日本多家媒体报道，大阪工厂去年4月至10月生产的红曲原料经检测查出软毛青霉酸。软毛青霉酸是由青霉菌产生的一种天然化合物。依据厚生劳动省说法，这种物质可能存在毒性，但尚不清楚是否会伤害肾脏。

截至3月29日，服用该公司涉事保健品的消费者中已有5人死亡、114人住院。小林制药公司分析相关保健品及其使用的红曲原料后发现，其自产红曲原料中存在当初“意想不到”、来自霉菌的成分，尚未弄清该成分究竟是什么。多名微生物学家怀疑，生产过程中的卫生问题可能导致红曲产品被本不应出现的青霉菌污染。