岛内绿营有人称，赖清德所谓“祖国论”用“中华民国逻辑”阐述两岸议题，是超越了老“台独”派“解构中华民国，建立台湾共和国”的“建国论”。

对此在10月16日上午召开的国台办例行新闻发布会上，发言人陈斌华表示，赖清德的说法是偷换概念的“历史悖论”，是逻辑混乱的“台独怪谈”，是新瓶装旧酒的分裂谬论。其目的就是要换个马甲、加层伪装，借所谓“中华民国”的旧躯壳上市其“台独”新论调，欺骗舆论，愚弄民众。台湾从来就不是一个国家，也绝不可能成为一个国家。无论是“祖国论”，还是“建国论”，都是“台独”分裂谬论。任何挑战一个中国原则、妄图分裂国家的言行，都注定失败；任何钳制台湾同胞国家民族认同、激化两岸对立对抗的言行，都不得人心。