当地时间6月9日，韩国总统府对外表示，韩国总统李在明当天同日本首相石破茂进行了25分钟左右的电话通话。在通话中李在明对石破茂祝贺其当选韩国总统表示感谢，李在明称期待韩日能从国家利益角度出发寻求双边合作方向。

据报道，李在明4日宣誓就任韩国总统后，日本首相石破茂表示，希望尽快与李在明举行会晤。共同社报道称，日本政府担心李在明可能会在历史问题上对日本发难，改变前任尹锡悦政府对日本的立场。石破茂当天称，希望在李在明上任后，加强日韩合作，以及日美韩三边合作。

共同社报道称，李在明在日本对朝鲜半岛殖民统治有关的战时问题上立场强硬，包括对强征韩国劳工的赔偿问题。日本外务省相关人士表示，今年正值二战结束80周年，日方将关注李在明如何表态。

二战时期，日本对朝鲜半岛实施了残酷的殖民统治。尹锡悦担任韩国总统期间，奉行对日和解立场，积极推动韩日关系改善，并曾经在日本殖民统治时期遭强征劳工的索赔问题上，推出被告日企不用掏一分钱的“第三方代赔”方案，引发韩国社会众怒。

韩国总统李在明6月6日上午，还出席了他上任以来的首次国家纪念活动，他在讲话中缅怀了为实现韩国独立而献身的运动人士，呼吁韩国社会摈弃亲日论调，“（所谓）独立亡三代，亲日兴三代的说法，应该永远消失。”

2023年，李在明因抗议日本向海洋排放核污染水，曾连续绝食20多天。分析认为，李在明就任总统后将调整前任政府“亲美和日”外交路线，推行“实用外交”。