菲律宾外交部9月11日表示，对中国计划在黄岩岛设立国家级自然保护区一事表示“强烈抗议”。

针对这一消息，在9月11日召开的中国外交部例行记者会上，外交部发言人林剑回应表示，黄岩岛是中国的固有领土，在黄岩岛建立国家级自然保护区属于中方主权范围内的事务，其目的是保护黄岩岛的生态环境，维护该岛自然生态系统的多样性、稳定性与持续性，这一举措既符合中国国内法，也符合国际法，同时充分体现出中方作为负责任大国，积极投身生态环境保护、推动实现可持续发展的使命与担当。

林剑进一步指出：“菲律宾的领土范围早已由一系列国际条约所确定，黄岩岛从来不在其领土范围之内，中方不接受菲方提出的无理指责以及所谓的‘抗议’，并敦促菲方切实停止各类侵权挑衅行为与肆意炒作的做法，避免给海上局势增加复杂因素。”

9月10日，国务院批复同意新建黄岩岛国家级自然保护区，明确同意新建该保护区。国务院表示，建立黄岩岛国家级自然保护区，是维护黄岩岛自然生态系统多样性、稳定性、持续性的重要保障。同时要求有关部门和地方严格执行《中华人民共和国自然保护区条例》以及自然保护地建设管理等相关规定，严格落实生态环境保护责任，加强组织领导与协调配合，健全管理机构，强化对涉及自然保护区的各类违法违规行为的监管执法力度，确保各项管理措施落到实处，持续提高国家级自然保护区的建设与管理水平。

同样在9月10日，国家林业和草原局公布了黄岩岛国家级自然保护区的面积、范围及功能分区。该保护区位于海南省三沙市，总面积为3523.67公顷，其中核心区面积1242.55公顷，实验区面积2281.12公顷，主要保护对象为珊瑚礁生态系统。