我们知道出水的文物特别是海洋木质文物的整体保护是一个世界级的难题。为了确保古船船体和船载文物安全，上海市文物局在国家文物局指导下，整合国家文物局考古研究中心和上海博物馆、上海市文物保护研究中心等单位力量，研究制定了古船分阶段保护工作方案。11月21日古船出水后，现场保护工作立即启动，文物保护专业人员现场对桅杆和桅夹捆绑固定，对暴露船体进行保湿处理、整体覆罩保护。同时，分别对文物所处区域的海水及淤泥取样分析，及时获取古船文物保存环境的原始信息。

在古船进入船坞落座之后，工程师们将对一号船坞的现场区域增加围挡进行封闭，然后建立区域的安防系统提升安全的防护等级。同时文物保护的团队将进一步采集各类样品进行一些检测和分析。及时地开展这些离散暴露船体构件的临时的加固保护，包括还有船体的保湿处理。

那在未来古船博物馆的建设过程当中，正在考虑将在一号船坞区域建设一个可以覆盖整个古船沉箱临时考古站，也叫临时考古棚，搭建一个钢结构的棚架保护它。在里面将会搭载照明、安防，还有文物保护等系统开展保护舱状况、环境状况的实时监控和调控，确保舱内的各项环境参数稳定。

预计到2023年的10月之前，临时的考古站建设可以基本的完成，届时古船将进入实验室考古发掘与文物整体保护阶段。